近几年，中央军委、国务院对国防工业非常重视，允许或鼓励民营企业“参军”的各类规章陆续出台，从《非公有制经济参与国防科技工业建设的指导意见》，到《关于推进军工企业股份制改造的指导意见》，再到《非公有制经济参与国防科技工业建设指南》等等。为民营企业“参军”提供了政策依据，为民营企业进入军品市场提供了难得机遇。
但是，军方和国防工业主管部门为保证军工产品质量、进度等，为企业设置了一定的要求和门槛，进入军工需要具备一定的资质。中共中央关于制定国民经济和社会发展第十四个五年规划和二〇三五年远景目标的建议》中明确指出：加快武器装备现代化聚力国防科技自主创新原始创新，加速战略性前沿性颠覆性技术发展加速武器装备升级换代和智能化武器装备发展“加快加速”预示着备战能力即武器装备放量建设的迫切性。
军工保密资质适用于武器装备科研生产，而涉密资质适用于所有涉密信息系统。
两者名称的区别
保密资质全称为武器装备科研生产单位保密资格。保密资格认证是国家对武器装备科研生产单位的保密基本条件的评价和认可，是企事业单位承担涉密武器装备科研生产任务的必要条件。是指依据《中华人民共和国保守国家秘密法》、《武器装备科研生产单位保密资格审查认证管理办法》和有关保密规定，对武器装备科研生产单位审查认证取得相应的保密资格。
涉密资质，全称为涉密系统集成资质。该资质是从事涉及国家秘密的计算机信息系统集成业务的单位需要取得的。这里的“涉密系统集成”，包括涉密系统工程的规划、设计、开发、实施、服务及保障等工作。
虽然都有国家保密局盖章但是还有大同小异之处。
等级划分不同
涉密信息系统集成资质分为甲级和乙级两个等级，每级又分为九个单项。甲级资质单位可以在全国范围内从事绝密级、机密级和秘密级信息系统集成业务。
乙级资质单位可以在注册地省、自治区、直辖市行政区域内从事机密级、秘密级信息系统集成业务。
最新武器装备科研生产单位保密资格分为两个等级分别为一级、二级。一级保密资格单位可以承担绝密级、机密级、秘密级科研生产任务；二级保密资格单位可以承担机密级、秘密级科研生产任务。2021年6月3日，国务院发文取消军工三级保密资质，二三级合并。
主管部门的不同
涉密信息系统集成资质由国家保密局负责；审批时间周期为：6到9个月，认证有效期为3年。申请甲级资质的，应当向国家保密行政管理部门提交申请书及相关材料；申请乙级资质的，应当向注册地的省、自治区、直辖市保密行政管理部门提交申请书及相关材料。
武器装备科研生产单位保密资格认证由国家保密局、总装备部和国家国防科技工业局颁发保密资格。;审批时间周期为：6到9个月，认证有效期为5年。申请一级保密资质，主管部门为国家保密局会同国家国防科技工业局、中央军委装备发展部等部门组成的国家武器装备科研生产单位保密资格认定委员会。申请二级保密资质，主管部门为省、自治区、直辖市保密行政管理部门会同国防科技工业管理部门等部门组成的省、自治区、直辖市武器装备科研生产单位保密资格认定委员会。
认证阶段不同
涉密信息系统集成资质认证包括申请受理、书面审查、现场审查、专家评审和授予等5个阶段。保密资质认证包括资格认定、审核、申请受理、现场审查和审批等5个阶段，相对来说更为繁琐一点。
保密资质认证包括提交材料、申请受理、书面审查、现场审查、资质授予等阶段。
申请基础条件不同
两者申请条件也不相同，具体差异本文不做详细拓展留作下篇文章详解。
一般来说，企业根据自己的需求来选择是办理保密资质和涉密资质即可。在条件满足的情况下，这两个资质也可以同时办理。
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